موزه باستان شناسی بیرجند با وسعت ۶۰۰ متر مربع زیر بنا در طبقه اول عمارت اکبریه (که در واقع ساختمان تشریفات و ارگ حکومتی امیر ابراهیم خان شوکت الملک بوده)، با توجه به عواملی همچون غنای فرهنگی منطقه، جمعیت جوان، وجود دانشگاهها و عزیمت هزاران گردشگر به این منطقه در سال ۱۳۷۱ تأسیس و راه‌اندازی شد و در سال ۱۳۷۴ با طراحی نو توسعه و تجهیز گردید.
موزه باستان شناسی بیرجند بزرگترین موزه باستان شناسی در سطح استان خراسان جنوبی است که مشتمل بر بخشهای متعددی می‌باشد از بخشهای مهم آن می‌توان به بخش سفال، سکه، فلز، اسلحه و ابزار آلات جنگ، بخش روشنایی، قرآن و کتابت و نیز مجموعه‌ای از اشیاء و مواریث خاندن امیر اسدالله علم (که توسط بنیاد مستضعفان در اختیار موزه بیرجند قرار داده شد) و تالار آینه اشاره کرد.
در موزه باستان شناسی بیرجند اشیاء به نمایش گذاشته شده، سیر تاریخی مدون و منظمی را از هزاره سوم ق.م تا دوره قاجار مشتمل بر بخشهای متفاوتی را دربر می‌گیرند.سفال‌ها و سکه‌ها بیشترین آثار این موزه را شامل می‌شوند. مجموعه سفال‌ها، دوره‌های مختلف تاریخی، از سفال‌های نخودی دست ساز هزاره سوم قبل از میلاد، سفال‌های خاکستری هزاره اول میلادی تا سفال‌های لعابدار دوره اسلامی را دربر می‌گیرد و نیز مجموعه سکه‌ها، سکه‌های دوران تاریخی از سلوکیان، الیمایی‌ها، پارتیان و ساسانیان و سکه‌های دوران مختلف اسلامی تا دوره قاجار را شامل می‌شود.یکی دیگر از مهمترین بخشهای موزه بخش قرآن و نسخ خطی است که هشتی بنای اکبریه به عنوان مهمترین بخش معماری آن، به این بخش اختصاص یافته است.
موزه باستان شناسی بیرجند شامل سه قسمت پیش از تاریخ، دوره تاریخی و دوره اسلامی است. در بخش پیش از تاریخ، اشیایی از دوره نوسنگی (هزاره دوم قبل از میلاد) که برخی نمودار تکامل هنر و صنعت چهار هزار سال پیش محسوب می‌شود و برخی نیز بیشتر وسایل کاربردی بوده است، در معرض دید قرار دارد. ظروف سفالی و سکه ها، علاوه بر جنبه‌های کاربردی، القا کننده اعتقادات، جهانبینی و هنر آن دوره است. اشیای دوران تاریخی به دوره‌های سلوکی، اشکانی و ساسانی مربوط می‌شود.
موزه باستان شناسی بیرجند:
الف – بخش سفال:
بخش مذکور به منظور آشنایی بازدیدکنندگان با سیر تکامل سفال و تحولات آن، در دو قسمت قبل از میلاد و اسلامی ایجاد شده است. در این بخش، ابتدا سفالینه هایی از هزاره سوم، دوم و اول(ق.م) تا سفال های دوره اسلامی به نمایش گذاشته شده است. سفالینه های موجود در این بخش دو دسته می باشند: دسته ای از آنها یافته های باستان شناسی بیرجند و جنوب خراسان است و دسته ای دیگر مربوط به مناطق مختلف کشور است که جهت ایجاد یک سیر منظم تاریخی به این موزه منتقل گردیده است.
ب : بخش فلز:
این بخش سیر تحول فلزکاری از هزاره اول(ق.م) تا دوره قاجاریه را شامل می شود. آثار فلزی مربوط به قبل از اسلام عموماً پیکان ها، خنجرها و تعدادی شی تحت عنوان وزنه های تبادل کالا می باشد. در بخش فلز اسلامی ظروف مسی شامل ابریق، قهوه جوش و بوته های ذوب فلزات به نمایش گذاشته شده است.
ج ) بخش اسلحه:
در بخش اسلحه تعدادی از سلاح های آتشین اولیه، شامل تفنگ های و طپانچه های سرپر به نمایش گذاشته شده علاوه بر آن تعدادی باروت دان های چرمی و فلزی و دوربین های چشمی در معرض دید علاقمندان قرار گرفته است.
د) بخش روشنایی:
از دیگر بخش های موزه باستان شناسی بیرجند بخش روشنایی و لوازم مربوط به آن می باشد. در این قسمت انواع پی سوزهای سفالی و فلزی به نمایش درآمده. علاوه بر آن، تعدادی چراغ گردسوز با پایه و بدنه سنگی، سرامیکی و برنزی نیز در معرض دید قرار گرفته که گر چه به لحاظ تاریخی قدمت بعضی از آنها کمتر از یکصد سال می باشد ولی از نظر هنری بی نظیر به حساب می آیند. قدیمی ترین اشیاء موجود در این بخش پی سوزهای سفالی است که قدمت آنها به پیش از اسلام بر می گردد.
ج ) بخش قرآن و کتابت:
در قسمت هشتی مرکزی که دارای کلاه فرنگی با مقرنس های زیبا است و در واقع اوج ظاهری معماری بنا در آن به نمایش گذاشته شده بخش قرآن و کتابت قرار دارد که اوج معماری گنجینه نیز می باشد. در این بخش لوازم کتابت به همراه تعدادی قرآن خطی، چاپ سنگی و ظروف که در سطوح آن آیات قرآن نگاشته شده در معرض دید قرار گرفته است. نفیس ترین قرآن موجود در این بخش، قرآنی است متعلق به دوره قاجار با تذهیب گل و مرغ بر روی جلد، حواشی و تذهیب آب طلا بر روی صفحات.
د ) بخش اشیاء متعلق به خاندان علم
در این بخش اشیاء متعلق به خاندان علم که توسط بنیاد مستضعفان در اختیار گنجینه بیرجند قرار گرفته به نمایش در آمده است و شامل سرقلیان ها از جنس های مختلف با تزئینات مرصّع، تعدادی جام شیشه ای، ظروف نقره ای و … می باشد.
